Assessment of three methods for detection and quantification of nitrite-oxidizing bacteria and Nitrobacter in freshwater sediments (MPN-PCR, MPN-Griess, immunofluorescence)

Nitrification in freshwater, a key process in the nitrogen cycle, is now well known to take place predominantly on suspended particles and in sediment. Nitrobacter is the most commonly isolated nitrite oxidizing bacteria from water environments. Three methods for counting nitrite oxidizing communities (especially Nitrobacter) in sediment were investigated : MPN-Griess, fluorescent antibodies (immunofluorescence), and a more recent molecular method coupling specific DNA amplification by PCR and statistical MPN quantification. After preliminary adjustments of the MPN-PCR technique, the detection level and the yield of each method were determined by inoculating a sediment with a pure Nitrobacter culture. The best recovery yield was obtained with the immunofluorescence technique (21.3%) and the lower detection level was reached with the MPN-Griess method (103 Nitrobacter/g dry weight sediment). The MPN-PCR method resulted in lowest recovery yields and needs further adaptations to become a reliable and precise tool for investigations on nitrifying bacteria in sediment. / Nitrobacter est la bactérie oxydant le nitrite la plus connue pour les milieux d'eau douce. Trois méthodes de quantification de cette bactérie sont étudiées : le MPN-Griess, l'immunofluorescence et une méthode plus récente couplant une amplification spécifique de l'ADN (PCR) et la méthode statistique du MPN. Après des adaptations de la technique MPN-PCR, le seuil de détection et le rendement de chaque méthode ont été déterminés, grâce à l'inoculation d'une culture pure de Nitrobacter dans du sédiment. Le meilleur rendement a été obtenu avec la technique d'immunofluorescence (21.3%) et le seuil de détection le plus bas a été obtenu avec la méthode MPN-Griess (10e3 Nitrobacter/g séd. sec). La méthode MPN-PCR a abouti au plus faible rendement et requiert de nouvelles adaptations pour devenir un outil fiable et précis pour des études sur la nitrification en sédiment.

Auteurs du document :

Feray, C., Volat, B., Degrange, V., Clays-Josserand, A., Montuelle, B.

Mots clés :

BACTERIE, SEDIMENT, NITRATE, COMPTAGE, BACTERIA, SEDIMENT, NITRATES

Date :

1999

Format :

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Source :

6765

Langue :

Inconnu

Droits d'utilisation :

Date de dépôt: 2005-05-13 - Tous les documents et informations contenus dans la base CemOA Publications sont protégés en vertu du droit de propriété intellectuelle, en particulier par le droit d'auteur. La personne consultant la base CemOA Publications peut visualiser, reproduire, ou stocker des copies des publications, à condition que l'information soit seulement pour son usage personnel et non commercial. L'utilisation des travaux universitaires est soumise à autorisation préalable de leurs auteurs. Toute information relative au signalement d'une publication contenue dans CemOA Publications doit inclure la citation bibliographique usuelle : Nom du ou des auteurs, titre et source du document, date et URL de la notice (dc_identifier).

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