Analyse statistique de données d'écologie microbienne

/ L'objectif principal de ce stage était donc l'adaptation et l'utilisation des outils d'analyse des profils d'ADN obtenus sur gel d'agarose et par SSCP au travers de deux études : 1. la première, basée sur des profils obtenus par électrophorèse sur gel d'agarose, avait pour objectif d'évaluer la persistance de souches résistantes aux antibiotiques dans l'environnement lors de l'épandage de fumier de volailles. En effet, l'épandage des effluents d'élevage comporte des risques pour l'environnement et la santé, bien qu'il contribue à l'amélioration des propriétés des sols et à la nutrition des plantes. La contamination bactériologique est un des problèmes fréquemment mentionné étant donné l'emploi d'antibiotiques en élevage. Cette utilisation des antibiotiques conduit à la sélection de souches résistantes dans le système digestif des animaux qui peuvent se propager dans le sol après épandage et transmettre leur résistance à d'autres souches. La résistance aux antibiotiques peut être transmise aux souches pathogènes,devenant alors un risque pour l'homme (Guan and Holley 2003). 2. la seconde, réalisée sur des profils obtenus par électrophorèse capillaire, avait pour objectif d'évaluer l'impact de plusieurs filières de traitement sur la communauté microbienne des lisiers de porcs. En effet, les procédés de traitement des lisiers de porcs sur les grandes exploitations permettent de maitriser les problèmes de pollution azotée mais n'ont pour la plupart pas été testés pour leur capacité d'hygiénisation. Or le lisier peut contenir des microorganismes potentiellement pathogènes pour l'homme. L'épandage de leurs effluents peut entrainer une persistance de microorganismes pathogènes dans les sols devenant un risque sanitaire (projet ADEME). Il est donc important d'analyser l'impact de différentes filières de traitement sur la composition microbiologique des lisiers.

Auteurs du document :

Le Duot, A.

Mots clés :

ANALYSE STATISTIQUE, ANALYSE DE DONNEES, ECOLOGIE MICROBIENNE, TYPAGE MOLECULAIRE, STATISTICAL METHODS, MICROBIAL ECOLOGY, DATA ANALYSIS

Date :

2010

Format :

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Source :

26272

Langue :

Inconnu

Droits d'utilisation :

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