Santé humaine, santé des écosystèmes : un même avenir
28/09/2026
La tenue des assises de la biodiversité est cette année l’occasion de se focaliser sur la thématique « santé humaine, santé des écosystèmes : un même avenir », mettant en avant l’interdépendance entre santé humaine, animale et environnementale.
À travers une approche pluridisciplinaire, découvrez une sélection bibliographique illustrant comment la préservation de la biodiversité, la lutte contre la dégradation des habitats naturels et la gestion durable de notre environnement constituent les clés indispensables pour prévenir les crises sanitaires futures et bâtir un avenir commun pérenne.
Disponible sur notre portail documentaire partenarial, cette bibliographie rassemble des références fiables pour approfondir cette thématique.
Les dossiers d'AGROPOLIS International. Compétences de la communauté scientifique en région Occitanie (1628-4240) (Agropolis International), 2019 , N. 24 , P. 92
Les communautés à isoétides des lacs oligotrophes côtiers aquitains constituent des écosystèmes uniques à l'échelle européenne, abritant des habitats prioritaires au titre de Natura 2000 (3110). Ces communautés de macrophytes aquatiques, adaptées aux conditions oligotrophes, subissent des pressions anthropiques croissantes : eutrophisation, changement climatique et espèces invasives. Dans ce contexte, comprendre les processus structurant leur biodiversité constitue un enjeu majeur pour leur conservation à long terme. Cette thèse adopte une approche intégrative combinant écologie des communautés et génétique du paysage pour démêler la contribution relative des processus spatiaux et environnementaux dans la structuration de la diversité taxonomique et génétique. Nous avons développé des marqueurs microsatellites pour caractériser la diversité génétique de huit espèces de macrophytes (Baldellia ranunculoides, Eleocharis multicaulis, Juncus bulbosus, Littorella uniflora, Lobelia dortmanna, Myriophyllum alterniflorum, Phragmites australis, Schoenoplectus pungens) à travers 27 stations réparties dans quatre lacs du littoral aquitain (Carcans-Hourtin, Lacanau, Cazaux-Sanguinet, Parentis-Biscarrosse). Nos résultats révèlent des niveaux de différenciation génétique exceptionnellement élevés (FST moyen 0.26-0.27), trois à dix fois supérieurs aux valeurs typiques des plantes aquatiques, indiquant un flux génique extrêmement limité entre populations. L'isolement par la distance constitue le patron dominant, bien que son intensité varie fortement selon les taxons (de r = 0.10 pour E. multicaulis à r = 0.80 pour J. bulbosus), reflétant des capacités de dispersion contrastées. Parmi les espèces étudiées, deux bénéficient d'un statut de protection nationale et font l'objet d'un Plan National d'Actions : L. dortmanna présente une situation critique avec une hétérozygotie quasi-nulle (He < 0.05), tandis que L. uniflora, malgré un FST brut modéré, révèle une différenciation normalisée parmi les plus élevées du réseau (F'ST = 0.72). L'analyse des corrélations espèces-diversité génétique (SGDC) révèle une dépendance d'échelle marquée : l'absence quasi-généralisée de la corrélation à l'échelle locale (α-SGDC) contraste avec l'émergence de corrélations robustes à l'échelle régionale (β-SGDC) pour les huit. Chez B. ranunculoides et S. pungens, les seules espèces présentant des SGDC significatives aux deux échelles, la corrélation est entièrement liée aux facteurs environnementaux (surface lacustre, connectivité hydraulique, couvert naturel), démontrant que richesse spécifique et diversité génétique répondent parallèlement aux mêmes gradients sans corrélation direct. L'absence de corrélation entre coefficients α-SGDC et β-SGDC suggère que processus démographiques locaux et contraintes de dispersion régionales structurent la biodiversité de manière largement découplée. Cette thèse démontre que limitation de dispersion et filtrage environnemental agissent conjointement pour structurer la biodiversité des lacs côtiers aquitains. La conservation des habitats d’intérêt communautaire 3110 nécessite une approche équilibrée combinant gestion locale de la qualité d'habitat (maintien de l'oligotrophie et limitation des perturbations anthropiques) et gestion régionale de la connectivité fonctionnelle, avec une attention particulière pour L. dortmanna (espèce parapluie génétiquement appauvrie) et L. uniflora (populations fortement différenciées nécessitant une gestion distincte).
La biodiversité subit des changements rapides en raison des pressions environnementales mondiales, mais notre capacité à surveiller et à prévoir la répartition des espèces et la dynamique des écosystèmes reste limitée par la qualité et l'échelle des données et des modèles disponibles. C'est pourquoi, dans cette thèse de doctorat, nous développons et évaluons plusieurs méthodes d'intelligence artificielle, allant des réseaux neuronaux convolutifs aux grands modèles de langage, afin de mieux cartographier et comprendre les espèces végétales vasculaires européennes, les indicateurs essentiels de la biodiversité et les types d'habitats terrestres. Tout d'abord, nous assemblons un vaste ensemble de données qui intègre des millions d'observations d'espèces de plantes vasculaires (provenant à la fois de données issues de la science citoyenne et d'experts scientifiques) combinées à divers prédicteurs environnementaux à haute résolution (tels que des images satellites, des séries temporelles climatiques et des variables environnementales). Sur cette base, nous concevons un modèle multimodal pour prédire avec précision la présence des espèces et dériver des indicateurs de biodiversité pour la surveillance de la santé des écosystèmes. Nous nous concentrons ensuite sur le cœur du projet : l'identification des habitats en fonction des assemblages d'espèces, en utilisant l'apprentissage profond et en mettant l'accent sur l'interprétabilité afin de mettre en évidence les facteurs écologiques. Afin de saisir la structure latente des communautés végétales, nous introduisons une nouvelle utilisation des grands modèles de langage, affinés pour apprendre la ''syntaxe'' des plantes coexistantes et ainsi capables de détecter les espèces manquantes dans les relevés incomplets. Enfin, nous combinons toutes ces étapes dans un pipeline en cascade capable de cartographier la répartition des espèces, les indicateurs de biodiversité et les types d'habitats à haute résolution à travers l'Europe, permettant ainsi des évaluations écologiques à grande échelle auparavant impossibles à réaliser, en offrant de nouveaux outils pour la surveillance de la biodiversité, la planification de la conservation et la gestion de l'utilisation des terres. Ce travail démontre le potentiel des approches modernes d'apprentissage automatique pour relever les défis de longue date en écologie. À l'aide de la télédétection, de variables environnementales et de données sur la présence des espèces, nous avons mis au point un pipeline offrant une vue d'ensemble de la dynamique des écosystèmes. En rendant toutes nos découvertes open source, nous fournissons un cadre évolutif pour l'évaluation future de la biodiversité et la planification de sa conservation.
Mots clés
Modélisation de la biodiversitéIntelligence artificielleParcelles de vegetationEspèces de plantesModèle de langageTypes d'habitatApprentissage profondPlanification de la conservationVision par ordinateurSciences participatives
The February 6, 2025 roundtable at ONIRIS in Nantes, co-organized by Carrefours de l'Innovation INRAE and ECOPHYTO recherche & innovation, took up and extended the presentation of the effects of plant protection products (PPPs) on human health and ecosystems. PPPs, designed to target pests and diseases, also affect non-target organisms, causing human illnesses (cancers, neurological and respiratory diseases) and ecological imbalances. Solid research, including an INSERM report, has established the degree of reliability of the links between exposure to PPPs and various pathologies, especially among agricultural workers, but also among children exposed in utero. On the environmental front, an INRAE-Ifremer study reveals widespread contamination, with a serious impact on biodiversity (bees, birds, invertebrates) and even the marine environment. The concept of “symbiotoxicity” underlines the disruption of organisms' microbiomes, accentuating their vulnerability. Research is still lacking data on PPP degradation products and their combined effects (cocktail effects). Training programs such as the ‘One Health’ Master's degree aim to train professionals capable of tackling these issues in a systemic way. Since 2020, a compensation fund has been supporting PPP victims, including children exposed before birth. Specialized pediatric consultations are emerging to provide better support for families. All this work unequivocally calls for a rapid and widespread agro-ecological transition, leading to far-reaching changes in farming practices, although at present the choice seems to be more towards a gradual approach and pragmatic actions that can be carried out without upsetting the foundations of the current choice of agriculture.
Mots clés
produits phytopharmaceutiquesexposition« One health »transition agroécologiqueenseignementmédecinerecherchesalternativesreconceptionbien communaction publiquephytopharmaceutical productsexposure“One health”agro-ecological transitionbiodiversityteachingmedicineresearchalternativesredesigncommon goodpublic action
Ce poster présente le programme PHENOMER développé par l'Ifremer, visant à observer et comprendre les eaux colorées ou bioluminescentes liées aux proliférations de microalgues. L'objectif est de mieux comprendre la biodiversité du phytoplancton et d'analyser la santé des écosystèmes marins, notamment les impacts des microalgues toxiques et l’eutrophisation.
Le programme repose sur la participation citoyenne : les participants signalent les phénomènes observés à l'aide de l'application ou du site WEB PHENOMER, prélèvent des échantillons et les déposent dans des relais locaux.
Avec plus de 400 observations collectées depuis sa création, PHENOMER contribue à la recherche grâce à un suivi régulier du phytoplancton.
Cette synthèse s’articule en trois grandes parties. La première partie retrace les grands enjeux écologiques associés aux pollutions chimiques et le contexte international suscité par ces enjeux. La deuxième partie s’attache à restituer un état de l’art, sinon exhaustif, du moins représentatif, des connaissances scientifiques existantes récentes sur l’impact des pollutions toxiques sur la biodiversité. La troisième partie vise à offrir au lecteur une vision du cadre global existant en matière de gestion des produits chimiques et des pollutions que leur usage engendre, et des défis qui y sont rencontrés. Sur cette base, des pistes d’actions sont mises en lumière, ainsi qu’un panorama des perspectives, au regard de l’évolution en cours des politiques publiques et de la société.
Mots clés
POLLUTION CHIMIQUEIMPACT ENVIRONNEMENTDIVERSITE BIOLOGIQUERECHERCHE SCIENTIFIQUEPOLITIQUE DE L ENVIRONNEMENTINDUSTRIE CHIMIQUEDECLINPRINCIPE POLLUEUR PAYEURPACTE VERTSOBRIETE
Le présent document s’inscrit dans un contexte exigeant en matière de restauration des habitats naturels face à une dégradation continue et inquiétante de leur état de santé et des services écosystémiques rendus par ces habitats. Contexte également exigeant sur le plan politique, au moment où un règlement européen vient fixer des objectifs très ambitieux après 30 années d’application insuffisante des directives Natura 2000. Ce contexte d’urgence écologique d’une part et d’exigence politique d’autre part, nécessitait, et nécessitera encore, d’importants travaux d’explication des notions de restauration écologique et de partage d’expériences tant ces notions sont sujettes à interprétations et que les exemples sont peu nombreux, peu documentés et malheureusement peu évalués. Il convenait donc de réaliser un premier travail de compilation de mesures s’inscrivant dans une perspective de restauration des habitats benthiques, et de partager une méthode d’évaluation élaborée avec PatriNat afin d’objectiver le plus robustement possible les projets présentés. Après un bref rappel des notions théoriques relatives à la thématique et au règlement européen sur la restauration de la nature, ce document présente donc des exemples de retours d’expérience de travaux et projets auxquels le LIFE IP MARHA a pu avoir accès ainsi que sur les travaux sur lesquels les équipes des 14 bénéficiaires associés au LIFE IP MARHA ont travaillé. Ce document s’inscrit dans un triptyque de livrables de l’Office français de la biodiversité (OFB) sur la restauration écologique : • celui de PatriNat ayant pour objectif d’analyser et d’indiquer les définitions retenues pour la restauration ainsi que certains principes structurant du concept de restauration des écosystèmes dans le cadre du Règlement européen sur la restauration de la nature, • la présente note du LIFE IP MARHA visant à comprendre les contextes, méthodes, techniques, atouts et limites de la restauration des habitats marins. Elle vise à éclairer les travaux et réflexions des gestionnaires d’aires marines protégées (AMP) dont les services de l’OFB, mais également des services déconcentrés de l’Etat dans le cadre de l’instruction des travaux et projets déployés sur l’espace marin et le domaine public maritime. Elle doit pouvoir alimenter les réflexions qui s’imposent dans le cadre de la mise en œuvre du règlement européen sur la restauration de la nature, • le travail de la Direction de la Recherche et Appui Scientifique (DRAS) de l’OFB, servant d’orientation au Plan National de Restauration, notamment par le biais de la plateforme de référence LittoREX (page78) recensant les retours d’expérience issue d’une collaboration avec le Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM).
Mitta, Guillaume,Van Wynsberge, Simon,Lallement, Stephane,Camus, Thomas
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The Conversation France Association
Résumé
Les espèces de poissons herbivores jouent un rôle majeur dans le maintien en bonne santé des écosystèmes coralliens. La mise en place des aires marines protégées ne suffit pas à protéger ces espèces, une nouvelle approche vise à les réintroduire directement dans le milieu : le principe de l’aquaculture restaurative.
Mots clés
poissonscorailaquacultureTahitibiodiversité marineFête de la scienceFête de la science 2024
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The Conversation (2431-2134) (The Conversation France Association), 2024-10-06 , P. 239151 (4p.)
Les régions insulaires, en particulier les Caraïbes, sont très vulnérables aux aléas côtiers tels que les ouragans, les tempêtes tropicales, les inondations et les tsunamis. Compte tenu de la forte densité de population dans ces zones côtières basses et de la concentration des actifs économiques, les menaces croissantes liées au changement climatique, comme l’élévation du niveau de la mer et l’intensification des cyclones tropicaux, suscitent une inquiétude grandissante. Il est donc impératif de mettre en place des stratégies d’adaptation et de réduction des risques côtiers. Ces dernières années, le potentiel des écosystèmes côtiers dans l’atténuation des aléas côtiers a été reconnu, offrant une alternative prometteuse aux ouvrages de protection traditionnels. Toutefois, des recherches plus approfondies sont encore nécessaires pour exploiter efficacement ces ressources naturelles dans les stratégies de gestion à venir. Cette étude, centrée sur la plage d’Anse-Maurice en Guadeloupe, combine des approches expérimentales et de modélisation pour analyser les capacités protectrices des récifs coralliens et de la végétation de haut de plage, typiques des environnements caribéens. Les résultats mettent en évidence :• Une analyse des dynamiques de ligne de rivage à long terme montrant que l’élévation du niveau de la mer et l’augmentation de la fréquence des cyclones liées au changement climatique constituent des menaces majeures. Le rôle des tempêtes en contexte récifal et les variations annuelles du niveau d’eau calme sont également soulignés.• Des études à court terme indiquant que les niveaux de marée et les variations annuelles du niveau marin ont un impact significatif sur les hauteurs maximales de submersion. Dans ces contextes, la végétation côtière joue un rôle protecteur notable.• Le développement d’un modèle numérique non-hydrostatique, qui met en lumière le rôle central des écosystèmes en bonne santé face à l’élévation du niveau de la mer. Des récifs et une végétation de plage en bon état offrent une protection côtière renforcée. Ainsi, bien que l’étude souligne l’urgence et le potentiel de la gestion côtière fondée sur les écosystèmes, elle constitue également une base pour les futures politiques de réduction des risques côtiers dans les Caraïbes et d’autres régions similaires.
Agence de l'eau Loire Bretagne (document),Agence de l'eau Loire Bretagne (métadonnées)
Résumé
Loire Sentinelle vise à dresser une cartographie inédite de la biodiversité et de la contamination plastique à l'échelle du fleuve, depuis ses sources jusqu'à son embouchure. Au travers de cette enquête au long cours, qui se déploie au fil des saisons et dans différents territoires ligériens, Loire Sentinelle cherche à répondre à un double enjeu : prendre la mesure de l'état de santé de la Loire ; comprendre les mesures à mettre en oeuvre pour soigner notre relation au fleuve.
Froger Claire,Saby Nicolas P. A.,Brunet Jean-François,Guyonnet Dominique,Bispo Antonio
Date de publication
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Résumé
La santé des sols, celle des écosystèmes et des êtres humains sont intimement liées. Les activités humaines passées ou actuelles ont pu affecter la qualité de nos sols limitant ainsi leurs usages. Parmi ces impacts, la pollution est reconnue en Europe et en Eurasie comme la troisième des plus grandes menaces sur les sols (FAO et UNEP1, 2021). En France, le Groupement d’intérêt scientifique Sol (Gis Sol) a été créé en 2001 afin de constituer et gérer un système d’information sur les sols de France et de répondre à des demandes des pouvoirs publics et de la société au niveau local et national (Arrouays et al., 2022). Cette création s’inscrit dans le mouvement d’intégration de la protection des sols dans les programmes de protection de l’environnement en Europe (Commission européenne, 2002). Il regroupe plusieurs instances publiques ou gouvernementales : le ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation, le ministère de la Transition écologique, l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE), l’Agence de la transition écologique (Ademe), l’Institut de recherche pour le développement (IRD), l’Institut national de l’information géographique et forestière (IGN), l’Office français de la biodiversité (OFB) et le Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM).
Mots clés
RMQSSANTE DES SOLSGISSOLQUALITE CHIMIQUE DES SOLSPOLLUTION DU SOL
Dans la catégorie des mollusques marins, l’huître est une espèce essentielle de nos côtes françaises et à forts enjeux économique et patrimonial. Espèce ingénieure, elle rend de nombreux services dans les écosystèmes côtiers. Pourtant, les huîtres subissent de fortes pressions dont les pollutions d’origine humaine. Parmi ces pollutions que nous détaillerons dans cet article : les pollutions chimiques, les pollutions biologiques comme les microalgues toxiques naturelles -dont les recrudescences peuvent avoir une origine anthropique-, et de nouveaux contaminants chimiques et particulaires, les microplastiques, complétant ainsi le précédent article montrant l’importance écologique des huîtres et les menaces liées au réchauffement climatique qui pèsent sur elles (Lire Les huîtres : ces architectes méconnus des milieux côtiers). L’huître en tant qu’espèce sentinelle indicatrice de l’état de santé (ou de dégradation) de l’écosystème côtier, se retrouve donc à la place du lanceur d’alerte exigeant des mesures fortes de protection des habitats littoraux.
Mots clés
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Encyclopédie de l’Environnement (2555-0950) (Université Grenoble Alpes), 2021 , P. 10p.
Lessives et adoucissants, shampooings et après-shampooings, gels pour les cheveux et crèmes pour les mains. Médicaments de tous types, rejetés dans les toilettes via les urines. Liquides pour la vaisselle, pour les vitres, produits d'entretien pour le sol, pour les canalisations, pour laver la voiture, pour tuer les moustiques. Détergents, détartrants et dégrippants. Tous ces produits, avec les molécules chimiques qu'ils contiennent, sont aujourd'hui présents dans le quotidien de nombreux ménages ou entreprises artisanales français... et dans leurs effluents. En milieu urbain, ils se retrouvent dans les réseaux de collecte des eaux usées ou pluviales, qui les acheminent vers les stations de traitement des eaux usées. Ils contribuent ainsi, pour une part considérable, à la problématique cruciale des micropolluants dans l'environnement : ces substances chimiques responsables d'effets néfastes sur la santé et les écosystèmes, y compris à de très faibles concentrations, sont souvent peu ou pas abattues par les solutions d'assainissement actuelles, se retrouvent ainsi dans les cours d'eau et plus largement dans le milieu naturel. Que sait-on aujourd'hui de ce flux de micropolluants domestiques, de sa composition et des concentrations mises en jeu ? Quelle est son importance relative, à l'échelle d'un territoire urbain, par rapport à d'autres sources comme les établissements de soins, les industries ou les transports routiers ? Dans quelle mesure les citoyens sont-ils conscients de l'impact de ces substances sur la qualité de l'eau et la santé des milieux aquatiques ? Quel lien font-ils entre leurs pratiques quotidiennes et cette pollution ? Quel rôle les collectivités locales peuvent-elles jouer aujourd'hui pour favoriser le changement des pratiques polluantes des ménages et des artisans, et en agissant sur quels leviers ? Lancé en 2013 par l'Onema (aujourd'hui Office français de la biodiversité), l'appel à projets «Innovations et changements de pratiques - Lutte contre les micropolluants des eaux urbaines» a retenu 13 projets de recherche territorialisés, de Bordeaux à Strasbourg, de Paris à Arcachon, apportant des éclairages et des retours d'expériences inédits sur cette problématique des micropolluants domestiques ainsi que sur celle, connexe, des micropolluants issus de l'artisanat. Les principaux résultats sont rassemblés dans ce document, à l'usage des acteurs des collectivités territoriales et de la gestion de l'eau.
Mots clés
POLLUTION EAUPOLLUANTMILIEU URBAINMILIEU AQUATIQUECOLLECTIVITE TERRITORIALEMICRO-POLLUANTAPPEL A PROJETSPRODUIT MENAGER
Dans un contexte où on sait de mieux en mieux détecter et quantifier les contaminants et mettre en évidence leurs effets sur les organismes, quel peut être aujourd’hui l’apport de l’écotoxicologie ? Une meilleure connaissance des problèmes liés aux contaminants, pouvant conduire à des mesures surprotectrices ? Ou une meilleure appréhension des mécanismes et processus en jeu pour mieux gérer l’écotoxicité des substances dans le milieu ? Cet ouvrage aborde les grandes approches actuelles en écotoxicologie par le biais de questions ouvertes que peuvent se poser les lecteurs curieux de mieux connaître cette discipline ou, plus généralement, soucieux des problématiques environnementales. Les réponses à ces questions offrent un panorama des grandes notions de l’écotoxicologie, des principaux concepts associés et expliquent les ruptures ayant transformé les approches traditionnelles de cette science en une démarche plus holistique intégrant la complexité des conditions réelles. Enfin, s’intéresser aux processus et mécanismes écotoxicologiques permet de traiter les relations causales entre présence et écotoxicité des contaminants, aussi bien en milieu terrestre qu’aquatique. La poursuite des progrès de la science écotoxicologique représente aujourd’hui un enjeu majeur pour rendre compte des relations entre santé et environnement (concept d’Eco-Health).
Dans la toile complexe de la santé mondiale, le concept « One Health » a émergé comme un principe directeur, mettant en avant les interconnexions indissociables entre la santé humaine, animale et environnementale. Les maladies infectieuses n’ont pas de frontières et leur contrôle, nécessitant des efforts collaboratifs englobant les disciplines et les nations, n'a jamais été aussi approprié, particulièrement dans un contexte post-pandémique
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Intersections (3003-2164) (Université Perpignan Via Domitia), 2024-09 , N. 3 , P. 10-11
Depuis quelques décennies, des maladies infectieuses se sont répandues sur le globe, la plus marquante étant la Covid et la pandémie qui a suivi. Parmi ces maladies, les zoonoses soulignent le lien de plus en plus étroit entre humains, animaux domestiques, animaux sauvages et environnements perturbés. L’approche « une seule santé » (One Health) intégrant santés humaine, animale et environnementale s’impose aujourd’hui comme la voie indispensable pour s’armer face à ces fléaux.
L’intégration de l’océan dans l’approche “One Health” constitue aujourd’hui un enjeu stratégique pour éclairer la décision publique et accompagner les transitions. Pourtant, les politiques publiques, les dispositifs d’observation et les financements restent largement fragmentés entre les secteurs sanitaire, environnemental, alimentaire, énergétique et maritime. Il en résulte une difficulté à appréhender des risques pourtant interdépendants, en particulier dans un contexte de changement global. Plusieurs défis déterminants doivent être relevés. Ils concernent l’intégration de données encore dispersées, le développement d’approches interdisciplinaires ou la mise en place de cadres de gouvernance capables de relier santé humaine, biodiversité, activités économiques et fonctionnement des socio-écosystèmes marins. Pour cela, l’investissement dans l’observation et les infrastructures de données, mais aussi la mobilisation des collectivités, des acteurs économiques et de la société civile, sont indispensables.
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Responsabilité & environnement Recherches, débats, actions (2271-8052) (Annales des Mines), 2026-07 , N. 123 , P. 59-62
Microbial diversity is vast, with bacteria playing a crucial role in human health. However, occurrence records (location, date, observer, and host interaction of human-associated bacteria) remain scarce. This lack of information hinders our understanding of human-microbe relationships and disease prevention. In this study, we show that existing solutions such as France’s Système d’Information sur le Patrimoine Naturel framework, can be used to efficiently collect and manage occurrence data on human-associated bacteria. This user-friendly system allows medical personnel to easily share and access data on bacterial pathogens. By adopting similar national infrastructures and treating human-associated bacteria as biodiversity data, we can significantly improve public health management and research, and our understanding of the One Health concept, which emphasizes the interconnectedness of human, animal, and environmental health.
Mots clés
Human microbiomeBacterial occurrence dataPublic healthOne healthBiodiversity data gapMedical data integrationBiodiversityDisease preventionPathogensUser-friendly
Les constats sont désormais établis: l'érosion de la biodiversité nécessite l'action de tous. Il en va de nos modes de vie, de nos économies, de notre santé. Le rapport de la plate-forme intergouvernementale sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES) paru au printemps 2019 a mis en avant les cinq facteurs directs de changements affectant le plus la nature : changements d'usage des terres et des mers, surexploitation des ressources produites par les écosystèmes, changement climatique qui bouleverse le cycle de vie de certains organismes, introduction d'espèces exotiques envahissantes et pollution de l'air, de l'eau, du sol, des sédiments, ainsi que l'éclairage artificiel nocturne. Quelques mois plus tard, la pandémie de Covid-19 a rappelé l'interdépendance et les interrelations entre la santé des humains et la santé des écosystèmes, rendant primordiale l'intégration des enjeux d'une seule santé (« One Health ») dans la prévention sanitaire et dans les politiques territoriales et l'aménagement du territoire.Une gestion durable du territoire est déterminante pour pallier l'érosion de la biodiversité. Mais cela implique en premier lieu de bien le connaître. C'est ainsi que dans les années 1990, plusieurs communes du Parc naturel régional (PNR) de Lorraine ont pris l'initiative de mener un diagnostic à la fois stratégique et aussi exhaustif que possible de la biodiversité et des enjeux liés à son érosion à l'échelle de leur territoire. C'est de la réussite de cette expérience, associée au volontarisme du milieu associatif (notamment France Nature Environnement et Humanité et Biodiversité), qu'est né le dispositif des Atlas de la biodiversité communale (ABC). Officiellement mis en place par le ministère de l'Écologie en 2010, dans le cadre de l'Année internationale pour la biodiversité, le programme de soutien aux Atlas de la biodiversité communale a été confié en 2017 à l'Agence française pour la biodiversité - devenue Office français de la biodiversité (OFB). L'OFB apporte ainsi son soutien aux collectivités volontaires - toujours plus nombreuses - à travers le lancement d'un appel à projets ABC annuel.
L'augmentation de l'émergence des zoonoses due aux activités humaines nous pousse à recentrer les maladies infectieuses au centre des préoccupations mondiales, en adoptant une approche "One Health". L'intégration de l'écologie des communautés à l'épidémiologie nous permet de prendre en compte tous les processus écologiques qui influencent à la fois les multiples hôtes et les multiples micro-organismes. En explorant les relations entre ces derniers dans la transmission des maladies zoonotiques, nous pourrions ouvrir de nouvelles perspectives pour une meilleure prévention du danger zoonotique. Compte tenu du risque zoonotique que les petits mammifères représentent et la menace que l'anthropisation encoure sur leur diversité, il convient de trouver de nouvelles méthodes de gestion de ces communautés permettant de limiter la circulation des pathogènes. À terme, cela permettrait d'établir des stratégies bénéfiques tant pour la biodiversité que pour la santé.Les objectifs de cette thèse étaient de comprendre les liens complexes entre la biodiversité des petits mammifères, leur microbiote et les pathogènes le long d'un gradient d'anthropisation. Cela incluait : i) la surveillance du danger zoonotique associé aux petits mammifères en France, ii) la compréhension des liens entre la biodiversité des petits mammifères et la prévalence de multiples pathogènes, dans des contextes différents d'environnement et de gestion iii) l'examen de la relation entre la biodiversité des petits mammifères et leur microbiote, iv) l'analyse des interactions entre le microbiote et les pathogènes. Pour cela, nous avons échantillonné des communautés de petits mammifères le long d'un gradient d'anthropisation forestier, puis effectué des analyses sérologiques et moléculaires pour détecter et caractériser les agents zoonotiques et le microbiote intestinal. Nous avons ensuite effectué des analyses statistiques et des modélisations épidémiologiques pour comprendre les associations entre les pathogènes zoonotiques et le microbiote, ainsi que leur impact sur le lien entre biodiversité et danger zoonotique.Le long d'un gradient d'anthropisation, nous avons identifié la présence de multiples pathogènes chez diverses espèces de rongeurs, représentant un réel risque pour la santé publique. L'anthropisation a modifié la composition et la diversité des communautés de petits mammifères, ainsi que leur microbiote. Ces changements ont affecté les relations entre biodiversité et pathogènes. Nous avons constaté que des communautés déséquilibrées de petits mammifères, avec une plus grande abondance d'espèces compétentes, étaient associées à une prévalence accrue de pathogènes. Cependant les stratégies de gestions des communautés comme la dératisation pouvaient avoir un impact contre intuitif en réduisant la diversité des petits mammifères et en augmentant la circulation du pathogène.Les mécanismes écologiques sous-jacents à la composition du microbiote variaient selon le type d'espèces, et ils semblaient jouer un rôle crucial dans leur résistance aux perturbations anthropiques. En outre, les interactions entre les micro-organismes pathogènes et commensaux suggèrent que la sensibilité d'un hôte à un pathogène pourrait être liée à la composition de son microbiote. Avec ces résultats, de nouvelles hypothèses émergent concernant le rôle du microbiote dans la compétence de l'espèce hôte et sa sensibilité aux pathogènes.Ainsi des perturbations induites par diverses pressions anthropiques peuvent provoquer un déséquilibre dans les communautés, ce qui peut altérer l'ensemble des interactions entre les hôtes multiples, les micro-organismes et, par conséquent, augmenter la circulation de pathogènes. Cela montrent l'importance d'explorer de nouvelles méthodes et approches pour une meilleure compréhension de ces relations complexes entre la biodiversité, le microbiote et la santé publique, notamment en appliquant une approche intégrée de la santé.
Mots clés
MicrobioteÉcologie de la santéPetit mammifèreÉcologie des communautésAnthropisationZoonose
Les changements globaux, climatiques ou de surexploitation des habitats, menant à l’érosion de la biodiversité et des contacts plus étroits entre les populations humaines et la faune sauvage, concourent à augmenter le risque de zoonoses. Ces modifications concernent en particulier les maladies transmises par les tiques comme la borréliose de Lyme, causée par des bactéries du genre Borrelia. En effet, les densités de tiques et la fréquence des maladies qu’elles transmettent dépendraient en grande partie de la biodiversité des vertébrés hôtes. Des études américaines ont ainsi montré que la prévalence de borrélies chez les tiques Ixodes scapularis diminuait par effet de dilution quand augmentait la proportion de vertébrés hôtes incompétents. En Europe, de récentes études sur Ixodes ricinus suggèrent que la structure et la diversité de l’habitat peuvent aussi avoir des effets diluants ou amplificateurs sur les risques de maladies transmises par les tiques.A l’aide d’une revue systématique de la littérature scientifique et d’expériences sur le terrain, nous avons cherché dans cette thèse à répondre aux trois questions suivantes : (i) Quel est le rôle de la forêt comme réservoir de tiques et comment leur densité dépend-elle de l’abondance et de la diversité de leurs hôtes vertébrés ; (ii) Quel est l’effet de la biodiversité des forêts sur les densités de tiques et leur taux d’infection par les bactéries; (iii) Quelles sont les composantes de la biodiversité des forêts qui exercent un effet direct ou indirect sur les densités de tiques et la prévalence des bactéries associées.Pour répondre à ces interrogations, nous avons réalisé une méta-analyse pour comparer les densités de tiques entre les habitats forestiers et les habitats ouverts (naturels ou anthropiques) suivie d’une méta-régression pour tester comment les abondances de tiques sont influencées par l'abondance de leurs hôtes vertébrés en forêt. Nous avons également testé l’effet de la diversité des arbres sur les densités de tiques et la proportion de tiques infectées au sein d’un dispositif expérimental manipulant la diversité des essences forestières. Enfin, nous avons échantillonné les tiques le long de gradients de diversité des essences forestières dans un réseau de sept sites en Europe pour évaluer l’effet combiné de la diversité des arbres et des plantes du sous-bois sur les tiques et les pathogènes associés.Nos résultats montrent que les forêts, et plus particulièrement les forêts mixtes décidues-conifères, constituent les habitats avec les plus grandes densités de tiques. Nos expériences de terrain ont aussi révélé que la richesse spécifique en arbres induit une réduction de la prévalence des borrélies associées aux nymphes de Ixodes ricinus. Enfin, la diversité des plantes de sous-bois impacte à la fois la densité des tiques et les taux d'infection par Borelia, et la proportion de plantes appétentes pour le chevreuil entraîne une réduction des taux d'infection par plusieurs pathogènes.Ces résultats suggèrent donc que la biodiversité des forêts, au niveau de la strate arborée et du sous-bois, peuvent affecter l'abondance des tiques et la prévalence des agents pathogènes de façon indirecte en modifiant la composition des communautés de vertébrés et en favorisant les processus de dilution par les hôtes incompétents. Des recherches supplémentaires seraient cependant nécessaires pour quantifier plus directement l’effet de la diversité des forêts sur la faune de vertébrés et leur charge en tiques vectrices de maladie. Elles permettront de confirmer que l’augmentation de la biodiversité forestière peut aider à réduire le risque de transmission des maladies associées aux tiques. Combinés aux effets connus de la diversité des essences forestières sur la réduction des maladies des arbres, nos résultats sur la santé humaine contribuent à établir les liens entre biodiversité et santé globale selon le concept One Health.
Chaque année, entre 55000 et 70000 tonnes de substances actives phytopharmaceutiques, incluant celles utilisables en agriculture biologique et de biocontrôle, sontvendues sur le territoire français métropolitain et d’outre-meret sont utilisées pour la protection des cultures ou l’entretien des jardins, espaces végétalisés et infrastructures (JEVI). Dans le même temps, le rapport sur l’évaluation mondiale de la biodiversité et des services écosystémiques établi en 2019 par la Plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques(IPBES) dresse le bilan alarmant d’une érosion sans précédent de la biodiversité. La pollution chimique générée par les activités humaines, incluant les produits phytopharmaceutiques (PPP), est identifiée parmi les causes de cette érosion. Cette pollution s’ajoute à d’autres pressions, comme les destructions d’habitats causées par l’urbanisation, l’intensification des pratiques agricoles et sylvicoles, et les conséquences duchangement climatique. Face à ce constat, la réglementation européenne en matière de mise sur le marché des PPP vise un degré élevé de protection, avec en particulier pour principe d’éviter tout effet inacceptable sur l’environnement. Toutefois, elle ne parvient pas complètement à atteindre cet objectif, en raison notamment d’une prise en compte insuffisante dela diversité des interactions telles qu’elles se produisent dans l’environnement (entre substances, entre organismes, avec une variété de facteurs physico-chimiques, etc.).
C’est dans ce contexte que les ministres chargés de l’Environnement, de l’Agriculture et de la Recherche ont sollicité INRAE et l’Ifremer pour réaliser un état des lieux des connaissances scientifiques relatives aux impacts des PPP sur la biodiversité et les services écosystémiques. La précédente expertise scientifique collective (ESCo) portant sur Pesticides, agriculture et environnement avait été réalisée en 2005. Le présent exercice consiste à en actualiser les résultats, en les élargissant à l’ensemble du continuum terre-mer et en incluant les usages de PPP relevant des zones non agricoles (JEVI). A la différence de celle de 2005, cette ESCo est positionnée en aval de l’utilisation des PPP, pour traiter du devenir et des impacts de ces substances une fois introduites dans l’environnement. Elle ne traite pas des pratiques ou systèmes agricoles permettant de réduire les utilisations de PPP, ni des stratégies préventives de régulation des bioagresseurs. Ces thématiques font l’objet d’autres travaux en cours, notamment une autre ESCo conduite par INRAE sur la gestion des couverts végétaux pour la régulation naturelle des bioagresseurs dont les résultats sont attendus à l’automne 2022. Ces deux exercices s’inscrivent dans le cadre du Plan Ecophyto II+, en complément de l’expertise Pesticides et santé humaine publiée par l’Inserm en 2021.
Le périmètre de la présente ESCo couvre les différents milieux (terrestre, atmosphérique, aquatiques continental et marin, à l’exception des eaux souterraines) dans leur continuité, du lieu d’application jusqu’à l’océan, en France métropolitaine et d’outre-mer, à partir de connaissances produites ou transposables dans ce type de contexte (climat, PPP utilisés, biodiversité présente, etc.). Il intègre tous lesproduits destinés à la protection des cultures ou à l’entretiendes JEVI, qu’il s’agisse de PPP conventionnels ou de produits ou agents de biocontrôle, dès lors qu’ils sont susceptibles de se retrouver dans l’environnement du fait d’une utilisation actuelle ou plus ancienne. Le cadre d’analyse mis en place considère la biodiversité dans ses dimensions structurelle etfonctionnelle, et il intègre la question des services écosystémiques. L’attention est ainsi plus particulièrement portée sur des travaux qui documentent la mise en évidence desrisques et des effets dans des conditions environnementales réalistes, et à des niveaux d’organisation biologique (ex. individu, population, communauté, écosystème) susceptibles de faciliter le lien à établir avec la biodiversité ainsi qu’avec les fonctions et services écosystémiques. (https://www.inrae.fr/sites/default/files/pdf/ExpertiseCollectivePestiEcotox_R%C3%A9sum%C3%A9.pdf)
Fondation Tara océan, One Health : quels liens existent-ils entre santé humaine, santé des autres animaux, des végétaux et santé des écosystèmes ?https://fondationtar[...]le-environnementale/
Convention on the wetlands, La santé des zones humides, c’est aussi notre santé – Ces écosystèmes négligés soutiennent la sécurité alimentaire, de l’eau et du climathttps://www.ramsar.o[...]liges-soutiennent-la
