L'espèce est présente dans les cours d'eau oligotrophes sur roches siliceuses. Une grande variété d'habitats est ainsi fréquentée, mais ils gardent en commun des eaux courantes et limpides, des fonds propres, stables et hétérogènes (racines, pierres, blocs, embâcles). En France, elle est présente sur l'amont des bassins hydrographiques des massifs anciens sur versant atlantique (Massif armoricain, Massif central, Morvan, Vosges et Pyrénées, potentiellement dans les Ardennes). Son habitat regroupe les conditions suivantes : les arbres de rive maintiennent une température de l'eau optimale à 14-18°C au maximum ; la concentration minérale et organique de l'eau reste faible (conductivité de 20 à 70 µS/cm ; pH de 6 à 7,5 ; calcium <10 mg/L ; absence de nitrites et peu d'ammonium < 0,1 mg/L ; moins de 0,5 à 1,5 mg/L de nitrate ; moins de 0,03 à 1 mg/L de phosphate ; entre 3 et 6 mg/L de matière en suspension au maximum, moins de 25 en hautes eaux). Au stade critique du cycle (juvénile enfoui), l'habitat comme la qualité d'eau interstitiels dépendent des échanges entre écoulement de surface et substrat (structure ouverte indispensable pour l'alimentation et l'oxygénation des sujets).
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