On trouve le Flûteau nageant dans les plans d'eau de faible profondeur (étangs, mares, fossés) et les eaux calmes. Associé à différentes communautés végétales, il est présent dans des eaux aux caractéristiques chimiques variées. On le retrouve sur différents substrats et dans des conditions écologiques très variables. Il semble toutefois préférer un bon ensoleillement et une eau claire. En termes de qualité, on le rencontre dans des eaux oligotrophes à mésotrophes. Présent en milieux acides ou calcaires, il est absent des eaux saumâtres. Le Flûteau nageant, espèce aquatique ou amphibie, est capable de supporter des variations du niveau de l'eau et une exondation temporaire. Certains de ses habitats sont relativement stables, sous l'influence des phases régulières d'exondation et d'inondation, alors que d'autres constituent les phases pionnières pouvant évoluer vers d'autres communautés végétales moins favorables à l'espèce.
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