Les écosystèmes aquatiques peu profonds (lagunes ; lacs et réservoirs) sont d’abord caractérisés par une forte sensibilité aux perturbations physiques qui en contrôlent partiellement tant la diversité que la productivité. Zones d’interface, ils sont également sensiblement affectés par des perturbations – souvent d’origine anthropiques – qui se développent à l’échelle de leurs bassins versants. Les communautés phytoplanctoniques, élément constitutif fondamental des réseaux trophiques, rendent compte de ces pressions et peuvent jouer à ce titre là un rôle d’indicateur. Lier des pressions à leurs impacts ne suffit cependant pas nécessairement à anticiper l’évolution de l’état des écosystèmes : la notion même d’état peut être ambigüe ; la multiplicité et la diversité de facteurs de stress agissant de concert complexifient à l’extrême les tentatives de modélisation ; l’attente sociétale quant à elle ne cesse de s’amplifier.

A partir d’exemples tirés d’un parcours mêlant interventions sur des terrains du Nord (lagunes méditerranéennes) et sur des terrains du Sud (petits barrages d’Afrique de l’Ouest), le document illustre certains des défis auxquels le chercheur est confronté, marqués par un renouvellement naturel mais nécessaire des questionnements scientifiques mais aussi par une souhaitable évolution de sa posture.