Qualité des eaux - département du Doubs : réseau de suivi piscicole annuel du département du Doubs campagne 2017 - observatoire karstique - mortalités salmonicoles et réseau patrimonial

Depuis plusieurs années, la plupart des grands cours d'eau karstiques à Salmonidés du Doubs ont connu un ou des épisodes de mortalités piscicoles massives en hiver et/ou au printemps, à la suite d'épidémies de saprolégniose affectant en particulier truites fario et ombres communs. Ainsi, la Loue dès 2010, le Doubs frontière dès 2011, le Dessoubre dès 2014, le Cusancin et le Lison de manière plus diffuse à priori, ont tour à tour été atteints dans des proportions variables et parfois spectaculaires. Ces évènements ont d'ailleurs dépassé les limites du département pour affecter d'autres rivières du massif Jurassien comme l'Ain ou encore la Bienne. En conséquence, de multiples investigations sont ou ont été réalisées via divers organismes (comptages mortalité par l'OFB associé à la Fédération, analyses sanitaires par le LDA39, analyses d'écotoxicité par l'INERIS, programmes de recherches universitaires...), mais la situation réelle in-situ des peuplements piscicoles n'en était pas extrapolable. Par ailleurs, les indices piscicoles synthétiques recueillis dans les réseaux DCE ne permettent pas de caractériser finement la situation, en tout cas de répondre aux besoins de l'analyse. Dans ce cadre, plusieurs opérations d'échantillonnage piscicole exhaustives ont été tour à tour menées à la suite directe d'épisodes aigus de mortalité, via la Fédération et/ou l'AFB. Si elles ont permis de caractériser finement l'état des peuplements piscicoles stationnels à un temps t, relier les évolutions constatées aux seuls épisodes de mortalités s'est avéré hasardeux par manque de chroniques annuelles de données. Par ailleurs, le besoin de données pérennes, continues, fiables et reproductibles (au niveau piscicole comme pour les autres compartiments aquatiques) a rapidement été exprimé par l'ensemble des acteurs scientifiques investis dans l'analyse de la dégradation de la qualité des cours d'eau du karst jurassien. Au niveau piscicole, ce point a largement été abordé fin 2014 lors de la présentation des conclusions sur l'état piscicole du Dessoubre en Conférence Départementale, le principe validé par le conseil scientifique mis en place pour l'occasion, puis réaffirmé lors du colloque universitaire « Loue et Rivières Comtoises » qui a suivi. C'est également dans ce cadre que le dispositif métrologique de suivi en continu de certains paramètres chimiques sur certains points clés du Département a été mis en place (réseau QUARSTIC). Outre la caractérisation des mortalités, disposer d'informations robustes pour apprécier au mieux, à longs termes, les effets des diverses mesures mises en place sur les bassins-versant concernés, tout comme des changements globaux (climatologie) s'avère également un objectif phare de la démarche. Dès 2015, 6 stations réparties sur la Loue, le Dessoubre et le Cusancin ont ainsi été échantillonnées annuellement en ce sens par la Fédération et l'AFB, toutes 2 à l'initiative de la démarche pour le volet piscicole, dans l'optique de démarrer au plus vite la bancarisation des données et de ne pas rater à nouveau d'éventuels évènements (nouvelles mortalités massives début 2017 sur le Dessoubre par exemple). La pérennisation du suivi annuel a ainsi été actée dès 2017 avec les services techniques de l¿Agence de l¿Eau RMC et du Département du Doubs, en l'étendant à plusieurs autres sites du département (Lison et réseau patrimonial « historique »). Ce partenariat a finalement abouti à retenir un ensemble de 11 stations dites « patrimoniales », faisant pour la plupart, en parallèle, l'objet de suivis chimiques et biologiques (macroinvertébrés) par le Département au titre de son réseau de suivi de la qualité des cours d'eau. Ce réseau de suivi piscicole annuel vient compléter le réseau piscicole historique de la Fédération, moins resserré dans le temps (réseau trisannuel de 30 stations). Le présent rapport rappelle la méthodologie employée, et s'attache à présenter l'ensemble des résultats sous forme de fiches-station, en exposant notamment les évolutions constatées entre les différentes campagnes.