Révision de la taxonomie ichtyologique en métropole : validation moléculaire du guide de détermination et investigation des aires de répartition. Projet Néo-taxons. Rapport final

Une mise à jour et une adaptation du référentiel taxonomique piscicole est aujourd'hui en cours et a notamment pour but une amélioration des politiques de gestions des ressources piscicoles françaises. Pour répondre correctement aux exigences scientifiques et de gestion, deux objectifs ont été fixés dans le cadre de cette convention: une validation par l'outil moléculaire (ADNmt et microsatellites) des déterminations des espèces de vandoise (Leuciscus), de vairons (Phoxinus) et de goujons (Gobio) effectuées par les agents de l'Onema, et une description de leurs aires de répartition à l'échelle des sous-bassins. Ce travail complète la convention établie entre le MNHN et l'ONEMA " Révision de la taxonomie ichthyologique en métropole : adaptation des outils de gestion ". Nous avons analysés 1043 vandoises, 1594 vairons et 1280 goujons (au lieu des 500 individus par groupes initialement prévu) pour répondre au mieux à ces objectifs. La complémentarité des approches moléculaires (ADNmt et microsatellites) nous a permis d'établir l'histoire évolutive de ces groupes et d'identifier la structuration géographique de leur diversité génétique. - En ce qui concerne les vandoises, les résultats génétiques obtenus sont en faveur de la définition de trois espèces L. leuciscus , L. burdigalensis et L. bearnensis avec pour cette dernière la mise en évidence d'un processus de spéciation en cours. Une sous structuration importante a été identifiée et une proposition d'unités de conservations a été faite. L'outil moléculaire ne nous a pas permis de valider L. oxyrrhis en tant qu'espèce, mais nous a permis de confirmer la possibilité d'hybridation avec l'ide mélanote (Leuciscus idus). - L'étude des vairons nous a permis de mettre en évidence une diversité génétique insoupçonnée et considérable. Si nos données génétiques valident la description de P. bigerri et P. septimaniae (avec une ré-évaluation de leurs aires de répartition), le message est plus difficile en ce qui concerne P. phoxinus. En effet neuf lignées mitochondriales se cachent sous cette appellation P. phoxinus et remettent en question la définition de cette espèce ainsi que les politiques de conservation associées. Les conclusions établies dans la convention du MNHN quant à la possibilité d'hybridation et d'introgression des vairons étudiés morphologiquement ont été confirmées dans la plupart des cas et expliquent les difficultés d'identification sur la base des données morphologiques et illustre la présence d'une diversité cryptique. - Comme pour les deux autres complexes d'espèces il existe une structuration géographique de la diversité génétique des goujons. Néanmoins, la diversité génétique est nettement moins importante. Les données mitochondriales actuelles sont en faveur de la définition de G. gobio, G. occitaniae et G. lozanoi mais ne permettent pas de valider G. alverniae. Aucune trace de Romanogobio belingi n'a été trouvée sur les données mitochondriales. Le niveau de translocation rencontré est très " espèce - dépendant " mais l'utilisation combinée des deux types de marqueurs génétique nous a permis dans certains cas d'identifier les sources de ces translocations. En conclusion nous discutons des potentielles conséquences en terme de gestion et de conservation de la mise en évidence de toute cette diversité génétique cryptique.