Aloses feintes en Corse. Recherche de présence grâce à l'ADN environnemental. Rapport final

La France porte depuis plusieurs années une politique volontariste pour la reconquête de la continuité écologique, notamment sur les axes à grands migrateurs amphihalins. Cependant, la présence effective des espèces cibles est souvent méconnue, imprécise, sinon lacunaire. Les méthodes traditionnelles de recherche des migrateurs sont liées à la pratique de la pêche (déclarations), à des observations visuelles parfois difficiles à confirmer ou à des suivis de reproduction contraignants (détection auditive nocturne, observation d'activité sur les zones de frayères,.). Les dernières avancées technologiques ont permis de mettre en place un outil complémentaire pour inventorier la biodiversité, en utilisant les traces d'ADN laissées par les êtres vivants dans leur environnement (appelées " ADN environnemental " ou " ADNe "). Cette approche non invasive, nommée " ADNe metabarcoding ", permet d'identifier simultanément plusieurs taxons appartenant à un même groupe taxonomique à partir d'un seul échantillon environnemental (par exemple un prélèvement d'eau). L'ADNe metabarcoding a ainsi été utilisé pour la recherche de l'alose feinte (Alose feinte de Méditerranée, Alosa agone) en Corse. Devant le manque de données précises sur la répartition des aloses sur ce territoire et face à la difficulté de mise en oeuvre des méthodes traditionnelles de suivi de l'espèce, il est apparu nécessaire de compléter les connaissances sur la présence de cette espèce migratrice par une approche basée sur l'ADNe metabarcoding. Les prélèvements ont été effectués en pleine période de reproduction des aloses (mai 2016). Les résultats ont confirmé les observations antérieures sur le Golo et le Tavignano et les publications relatives aux recherches visuelles effectuées en 2011 par l'Association Migrateurs Rhône Méditerranée (MRM). Ils viennent également documenter la présence de l'espèce sur le Fium'Orbo, sur lequel ne semblaient exister que des témoignages oraux de cette présence. Ces trois fleuves de la plaine orientale semblent donc être à l'heure actuelle les seuls à accueillir en Corse la population d'aloses feintes de Méditerranée pour la reproduction. L'ADNe metabarcoding a permis dans ces études de détecter la présence de différentes espèces, migratrices ou non. Elle a l'avantage d'être non invasive ainsi que simple et rapide à mettre en oeuvre mais doit néanmoins être utilisée en toute connaissance de ses limites. Elle ne permet par exemple pas de donner d'informations sur la taille des populations ni sur les individus, et elle doit être utilisée par du personnel formé de façon à éviter les contaminations croisées (lors du prélèvement et de l'analyse). En conclusion, l'ADNe metabarcoding représente un outil crédible, pragmatique et fonctionnel pour la détection des espèces piscicoles migratrices et ouvre des perspectives pour le suivi de la reconquête des axes de migration.

Auteurs du document :

CAGNANT M., MARTY V., AFB, BERNIER J.P., DEMANGE H., AFB DIR NOUVELLE AQUITAINE

Diffuseur des métadonnées :

Office français de la biodiversité

Mots clés :

LE GOLO, LE TAVIGNANO, LE FIUM'ORBO, ALOSE, ALOSE FEINTE DE MEDITERRANEE, ALOSA AGONE, ALOSA FALLAX, ADN ENVIRONNEMENTAL, DETECTION D'ESPECES, CSP, ONEMA, AFB, OFB

Thème (issu du Text Mining) :

FAUNE

Date :

2019

Type de ressource :

Document

Format :

text/xml

Source :

28p.

Langue :

Français