Structuration génétique d'une collection de souches de Vibrio. Contribution à la mise au point d'outils de typage moléculaire pour l'aide au diagnostic

Les bactéries du genre Vibrio représentent le groupe le plus fréquemment associé à des maladies infectieuses chez les mollusques marins. Ainsi chez l'huître creuse Crassostrea gigas, la majorité des Vibrios isolés d'animaux sains ou malades sont phénotypiquement classés dans un groupe de souches apparentées à Vibrio splendidus. Les récentes études phylogénétiques pars séquençage du gène gyrB, ont permis de distinguer plusieurs espèces au sein de ce groupe (V. splendidus, V. chagasii, V. cyclitrophicus, V. crassostreae, V. gigantis). Toutefois, il subsiste toujours des imprécisions dans l'arbre phylogénétique gyrB. En effet, un groupe polyphylétique de 4 espèces reste jusqu'à présent on distinguables (V. tasmaniensis, V. kanaloae, V. pomeroyi, V. lentus). Pour envisager un accroissement de la résolution de cet arbre phylogénétique, un ensemble de 140 souches de Vibrio a été criblé par deux techniques de typage moléculaire : la PCR-RFLP, et le séquençage de gène d'intérêt comme le gène de l'ADNr-16S, ou encore le gène gyrB. A l'issue de cette étude, seulement trois souches ont été positionnées dans le groupe polyphytétique d'intérêt (P52, P54, 43N) au sein de l'arbre phylogénétique du gène gyrB. Deux de ces souches révèlent en infections expérimentales, un caractère pathogène pour l'huître creuse (P52 et P54). Ce faible nombre de souches d'intérêts a permis de renforcer l'idée de développer des outils moléculaires permettant un criblage rapide, pertinent et peu onéreux. Un travail de mise au point d'un test de macroarrays a donc été effectué. Cette technologie a démontré un caractère sensible (seuil limite de détection situé entre 4,7 et 9 ng/mL d'échantillon de gène marqué, et entre 0,1 et 1µM pour les oligonucléotides cibles correspondant) et spécifique (7 signaux d'hybridation spécifique ont été détectés sur un essai de 8 membranes de spécificité).