Observation des poissons côtiers rocheux d'Atlantique Nord Est par metabarcoding sur ADN environnemental et comptages visuels en plongée : Projet Viz-eDNA

Dans le cadre de la DCSMM, PatriNat soutient le développement d’une stratégie nationale de surveillance des peuplements de poissons récifaux, associés aux substrats durs côtiers et circalittoraux. Ces communautés, essentielles au fonctionnement des écosystèmes et à la biodiversité, sont soumises à de multiples pressions anthropiques, aggravées par le changement global. Le projet Viz-eDNA, porté par le MNHN en collaboration avec BOREA et PatriNat, combine deux méthodes non invasives et complémentaires : les comptages visuels en plongée (UVC) et le metabarcoding sur ADN environnemental (ADNe). L’objectif est d’améliorer les connaissances sur la distribution des poissons récifaux, de caractériser l’influence des forçages naturels et anthropiques et de développer des métriques utiles à l’évaluation du bon état écologique. Les résultats, malgré les biais liés à l’hétérogénéité de l’effort d’échantillonnage, révèlent un gradient latitudinal marqué des assemblages, avec une richesse plus élevée dans le Golfe de Gascogne Sud et des communautés moins diversifiées dans les régions nordiques. Le metabarcoding permet une détection élargie, incluant des espèces rarement observées en UVC, tandis que les UVC apportent une résolution spatiale fine et des estimations d’abondance et de biomasse. La complémentarité de ces deux approches démontre leur pertinence pour le suivi à long terme des peuplements de poissons récifaux tempérés. Les premières analyses au sein de l’UMR Mer Celtique et Manche Ouest ont permis d’identifier un ensemble de métriques sensibles aux variations environnementales, ouvrant la voie au développement futur d’indicateurs opérationnels pour l’évaluation du bon état écologique. Néanmoins, ces analyses doivent être étendues aux autres UMR afin de valider ces avancées. De plus, la définition de seuils de référence permettant de définir le bon état écologique demeure limitée par le manque de données sur certaines pressions anthropiques et par l’absence de mesures de gestion ciblées et spatialisées, les sites étudiés semblant tous être dans un état écologique relativement similaire. Des travaux complémentaires, notamment de transfert de connaissances de zones géographiquement proches, bien suivies et pourvues d’AMP strictement protégées, pourraient permettre de pallier au manque de données actuellement à disposition en développant des approches basées sur la fonctionnalité des peuplements plutôt que leur composition spécifique, vouée à changer d’une région à l’autre.