Les omics pour la gestion des milieux aquatiques : rencontre entre chercheurs, gestionnaires et analystes

Les omics regroupent un ensemble d’outils analytiques permettant d’étudier les molécules constituant les organismes, comme les acides nucléiques (métagénomique, metabarcoding, digital PCR) et les métabolites (métabolomique). L’intégration de ces techniques dans la gestion des lacs et des milieux aquatiques présente un intérêt certain : appliquées à des échantillons naturels, elles permettent d’avoir un débit d’acquisition de données élevé, des identifications taxonomiques précises et des informations fonctionnelles sur les écosystèmes. Les omics sont désormais à disposition des porteurs d’enjeux qui peuvent s’en saisir. Un besoin d‘échanges entre chercheurs, gestionnaires, analystes et experts des milieux s’est fait ressentir. Ce besoin s’est concrétisé avec la tenue de tables rondes le 21 mars 2025 réunissant quarante-quatre participants. Ces derniers ont débattu de la place des omics dans l’application des politiques environnementales, des avantages et limites associées à ces approches, de l’évolution des métiers et des formations dans le domaine de l’étude et de la gestion des milieux aquatiques avec l’intégration des omics, et ainsi que des stratégies à adopter pour favoriser l’intégration de ces techniques pour la gestion des milieux aquatiques. Les échanges ont souligné l’importance de créer des espaces de dialogues réguliers afin de soutenir cette dynamique, dans la perspective d’améliorer la connaissance, la surveillance et la protection de notre environnement.