Harmonisation des Référentiels taxonomiques OMNIDIA et Sandre pour l'élément Biologique diatomées. Développement d'un support de transcription. Rapport. Pôle Hydroécologie des cours d'eau ONEMA-Cemagref Lyon MAEP-LHQ

La nécessité d’adapter la codification métier usuellement employée, via le logiciel OMNIDIA, pour les besoins du référentiel national Sandre « Diatomées » a nécessité un long travail collaboratif. Les avancements ont été présentés et discutés entre membres d’un groupe de travail dédié. Mais les principales tâches ont été accomplies par trois personnes : Catherine Lecointe (propriétaire et programmeuse du logiciel OMNIDIA), Michel Coste (Cemagref, expert taxonomiste) et Martial Ferréol (Cemagref, responsable base de données hydrobiologique). L’objectif principal est de pouvoir transcrire les codes métiers OMNIDIA à quatre lettres en code Sandre. Il a fallu pour cela harmoniser ce référentiel avec celui du Sandre car ils ont chacun leur logique. La principale difficulté résulte en la gestion des codes OMNIDIA synonymes qui sont des entités indépendantes seulement pour OMNIDIA. Il a donc fallu s’assurer d’allouer un code référent à chacun de ses codes synonymes. Une telle démarche s’est opérée en trois étapes successives. Tout d’abord un travail d’analyse en profondeur du contenu de la base OMNIDIA. Il s’agissait d’établir toutes les relations taxonomiques d’après le contenu du champ ‘Synonyme’. Les incohérences rencontrées ont alors été classifiées. Chaque taxon référent ambigu a ensuite été confirmé ou désigné d’après les dires d’expert. La dernière étape a consisté à associer un code Sandre aux codes référents. Il en a résulté le besoin de mettre à jour en conséquence le référentiel Sandre en créant des codes Sandre, modifiant le statut des codes synonymes et dégelant le statut de certains codes référents jusqu’alors rendus ineffectifs. Le résultat final est une table de conversion OMNIDIA vers Sandre. Il est à noter qu’une démarche de suivi régulier des mises à jour respectives entre ces deux référentiels est à mettre en place en parallèle de ces présents travaux. En effet ces derniers constituent une étape préalable nécessaire à la régularisation des deux référentiels et ne sauraient devenir une routine.