Dispersion des larves de poisson en milieu estuarien : DILEME

Le projet DILEME (DIspersion des Larves de poisson En Milieu Estuarien), conduit entre 2021 et 2023 dans le cadre d’un partenariat entre l’INRAE et l’OFB, avait pour objectif de mieux comprendre les mécanismes qui déterminent la présence, la rétention et le développement des larves de poissons dans les estuaires tempérés. L’étude a été centrée sur l’estuaire de la Gironde, dans un contexte de déclin des populations halieutiques et de dégradation des fonctions écologiques associées aux habitats estuariens. Le projet s’est structuré autour de plusieurs axes complémentaires mêlant approche bibliographique, observations de terrain, modélisation numérique et analyses biochimiques. Une première étape a consisté en une synthèse approfondie de la littérature scientifique sur l’écologie larvaire estuarienne. Celle-ci a mis en évidence l’influence déterminante des facteurs abiotiques (salinité, température, débit, turbidité, oxygène dissous) et biotiques (ressources alimentaires, prédation) sur la survie des larves. Elle souligne également le rôle des stratégies de reproduction et de migration des adultes, notamment le recours au transport sélectif par les courants de marée (Selective Tidal Stream Transport), permettant la rétention active des larves au sein des estuaires. Ces processus conditionnent le potentiel des estuaires comme habitats de nurserie pour des espèces d’intérêt patrimonial ou commercial. Le second volet du projet s’est appuyé sur une campagne d’échantillonnage intensif dans l’estuaire de la Gironde, couvrant trois saisons clés (été, hiver, printemps) sur 11 sites du chenal principal et 8 tributaires estuariens. Plus de 32 000 larves de poisson ont été collectées dans le chenal, dont plus de 90 % appartenaient au genre estuarien Pomatoschistus. Les densités larvaires les plus fortes ont été observées au printemps, principalement dans les zones oligohalines et les habitats peu profonds. La diversité taxonomique restait cependant faible, ce qui suggère un fonctionnement dégradé de la fonction de nourricerie. Dans les tributaires, plus de 10 000 larves ont été récoltées, avec une diversité plus élevée (16 taxa), incluant des espèces à forte valeur écologique comme l’anguille européenne ou le sprat. Ces résultats confirment que les jalles constituent des habitats attractifs pour les larves, malgré la présence généralisée de portes à flot qui limitent leur accès aux zones de grossissement situées en amont. Un troisième axe de travail a consisté à modéliser la dispersion des larves à l’aide d’un modèle hydrodynamique 3D couplé à un module lagrangien. Les simulations ont permis d’identifier des zones préférentielles de rétention selon les guildes écologiques et les saisons. Elles ont aussi montré que les comportements larvaires de migration verticale influençaient fortement les trajectoires et les zones d’accumulation dans la colonne d’eau. Cette démarche a été étendue à titre exploratoire à l’estuaire de la Loire, ouvrant la voie à des applications comparatives dans d’autres systèmes. Enfin, une analyse biochimique du statut nutritionnel des larves (lipides et acides gras) a été menée pour estimer la qualité trophique des habitats. Les résultats indiquent une faible disponibilité alimentaire dans le chenal principal, en lien avec la turbidité élevée et la rareté de proies de qualité. Ce déficit renforce l’intérêt de restaurer la connectivité vers les marais adjacents, potentiellement plus favorables au grossissement larvaire. Dans son ensemble, le projet DILEME montre que les estuaires, pour remplir leur fonction de nourricerie, doivent disposer d’habitats diversifiés, peu profonds, bien oxygénés et modérément salés. L’amélioration de la connectivité latérale, notamment par l’ouverture ou la reconfiguration des portes à flot, apparaît comme une voie de gestion prioritaire pour restaurer les capacités d’accueil des larves et soutenir le recrutement des populations de poisson.