Conséquences de la fragmentation et de la qualité de l'habitat sur la diversité fongique du sol et les implicaitons fonctionnelles en forêt ancienne

Les forêts anciennes sont considérées comme des milieux riches en biodiversité avec la présence d’espèces rares ou spécialistes ce qui leur octroie une grande valeur de conservation. En France, les forêts anciennes sont les forêts antérieures au minimum forestier (milieu du 19ème siècle). Les forêts récentes sont apparues après cette période. Les champignons sont essentiels au fonctionnement des écosystèmes forestiers. Notamment, les relations mycorhiziennes peuvent faciliter la survie et la croissance des arbres dans les forêts boréales et tempérées. Le développement du metabarcoding sur l’ADNe facilite le suivi des communautés du sol. Ma thèse a pour objectif général d’aborder la surveillance de la biodiversité des sols de forêts anciennes. Précisément, durant ma thèse, nous nous sommes questionnés sur (1) Les conséquences de la fragmentation forestière sur les communautés fongiques du sol ; (2)Le possible rôle des réseaux mycorhiziens sur la survie et la croissance des semis en forêts anciennes et récentes au moyen d’une approche expérimentale et (3) L’influence de la qualité de l’habitat en forêt ancienne sur les communautés de la biodiversité du sol. A l’aide d’un échantillonnage du sol conséquent et de l’utilisation du metabarcoding de l’ADNe, il a été démontré que les réponses fongiques à la fragmentation passée et actuelle étaient complexes mais confirment que la fragmentation passée influence encore de nos jours les communautés fongiques. L’approche expérimentale mise en place dans différentes parcelles forestières n’a pas permis de montrer une influence significative des réseaux mycorhiziens sur la croissance et la survie des plantules. Cependant, la survie a été significativement plus élevée en forêt ancienne durant les premiers mois de l’expérimentation. A l’aide d’un indice de biodiversité potentiel, le dernier volet a montré que les principaux phylums du sol étaient sensibles à la qualité de l’habitat. Cette thèse a permis de montrer que la biodiversité du sol étaient sensibles aux perturbations anthropiques et que leurs réponses pouvaient être décalées dans le temps. Pour les gestionnaires forestiers, il est nécessaire de prendre en compte ces observations pour minimiser la perte en biodiversité du sol. Ces organismes sont essentiels au fonctionnement des forêts et leur perte pourrait perturber cet équilibre.