Approches microbiologiques et moléculaires pour lutter contre la vibriose du bar (<i>Dicentrarchus labrax</i>)

Les bactéries du genre Vibrio et plus particulièrement celles du clade Harveyi, sont responsables de la vibriose, entraînant des mortalités de masse associées à des pertes économiques considérables pour le secteur aquacole. Vibrio harveyi est un agent pathogène émergent pour le bar commun d’élevage (Dicentrarchus labrax), capable de former des biofilms. Etant donné qu’aucune méthode prophylactique n’est aujourd’hui commercialisée, la lutte contre la vibriose réside dans la prévention et le développement de méthodes de surveillance et de diagnostic. L’objectif de cette thèse consiste à apporter des éléments de compréhension, via la combinaison d’approches microbiologiques et moléculaires, visant à optimiser la gestion du risque Vibrio pour le bar commun d’élevage. Dans un premier temps, des méthodes de quantification et d’identification ont été mises au point. Une méthode de PCR en temps réel, ciblant le gène mreB, a été développée et optimisée pour quantifier V. harveyi à la fois dans l’eau et les biofilms. La « Luvibase », une base de données composée de 23 profils de spectres de masse de souches de Vibrio de collection a ensuite été élaborée, permettant d’identifier les espèces du clade Harveyi par MALDI-TOF MS. Dans un second temps, ces méthodes ont été appliquées lors d’une campagne hebdomadaire d’échantillonnage d’avril à octobre 2018 dans une ferme d’élevage de bars communs. Des échantillons d’eau et de biofilms ont été collectés à partir des bassins d’élevage et des arrivées d’eau chaude et froide, alimentant la ferme. L’abondance de V. harveyi et des Vibrionaceae cultivables à 37 °C, mais aussi leur diversité relative ont ensuite été déterminées. Plusieurs espèces potentiellement pathogènes ont régulièrement été identifiées, dont V. harveyi, tout au long de la campagne. L’étude de l’influence des paramètres environnementaux a mis en évidence une corrélation positive entre la température de l’eau et l’abondance de ces bactéries à la fois dans l’eau et les biofilms. Sachant que ces biofilms peuvent induire une persistance de V. harveyi au sein de la ferme, et que leur abondance pourrait prochainement augmenter du fait du réchauffement climatique, il est urgent de développer des solutions anti-biofilms, afin de limiter le risque Vibrio.