Dans les zones humides méditerranéennes, la riziculture est l’une des activités agricoles majeures dont les interactions avec la conservation de la nature sont fortes (gestion de l’eau, habitats, ressources trophiques). La Camargue avec ses 20 000 ha de riz peut être considérée comme un cas d’école dans le contexte des interactions entre agriculture et environnement. Les connexions entre milieux naturels et espaces cultivés, notamment par les canaux de drainage, font que les conséquences de l’utilisation des pesticides ne se limitent généralement pas aux zones agricoles. De plus, l’utilisation d’eau provenant du bassin versant du Rhône à des fins d’irrigation est également une source d’introduction de pesticides étrangère aux pratiques agricoles locales. L’Etang du Vaccarès, lagune saumâtre de Camargue (6400 ha) et classé en réserve de biosphère (MAB-UNESCO) reçoit donc des substances directement issus des rizières ou du Rhône. Dans ce contexte, le but de ce travail de thèse est d’évaluer les niveaux d’exposition des milieux protégés aux herbicides, de modéliser les transferts au sein d’une exploitation rizicole avec en perspective d’étendre cette modélisation à l’ensemble du delta, et enfin, en identifiant la photolyse indirecte comme voie de dégradation possible comprendre le devenir des molécules dans le système.