L’évaluation et la prédiction des effets des contaminants organiques est un enjeu essentiel pour limiter la perte de biodiversité et le renforcement des capacités de gestion des écosystèmes. Une des premières étapes de cette étude a été de vérifier le potentiel de la méthode des isotopes stables appliquée à un milieu anthropisé. Dans ce but, deux études sur la perche Perca fluviatilis, élevée en conditions et sous alimentation contrôlées, ont été réalisées. La première a permis de montrer que le facteur de fractionnement varie selon le type d’aliment consommé, la seconde que les signatures isotopiques ne sont pas affectées par la présence d’un contaminant organique dans l’alimentation. La méthode des isotopes stables, appliquée à un réseau trophique de l’étang de Vaccarès (Camargue, France), a permis d’observer la bioamplification de certains contaminants organiques. Elle concerne des molécules de Kow variés et parfois inférieurs à 5 (ex. les pesticides). Dans le but de prévenir l’apparition de pathologies associées, la validation de biomarqueurs in situ a aussi été envisagée. Même si, l’activité de l’AChE chez l’anguille varie avec le degré d’exposition aux hydrocarbures aromatiques polycycliques, les indicateurs biochimiques évalués ont montré l’incohérence du principe de « biomarqueur universel ».A ces principaux objectifs, s’ajoute la compréhension du rôle des rizières dans la contamination du réseau trophique de l’étang de Vaccarès et l’utilisation de bivalves filtreurs, Corbicula fluminea, dans la surveillance de la qualité du milieu.